La construcción de Sacsayhuamán, según la información que se puede extraer de las fuentes etnohistóricas, habría sido iniciada durante el reinado del Inca Pachacútec; luego, continuada durante el gobierno de Túpac Yupanqui y concluida con Huayna Cápac. Durante estas tres generaciones, según Inca Garcilaso de la Vega, fueron cuatro los ilustres constructores que dirigieron sucesivamente la obra.

Del más antiguo al más reciente, estos personajes fueron: Apu Huallpa Rimachi, Inca Maricanchi, Acahauna Inca y Callacunchuy. A esos arquitectos se debe el diseño de Sacsayhuamán, que según muchos cronistas, aparte de la función ceremonial y militar que cumplía, también representaba una cabeza que, junto con el complejo de la ciudad del Cusco, formaba la figura de un puma.

La Fortaleza fue el escenario donde los Incas adoraban al sol en este templo para ceremonias religiosas. Se piensa que decenas de miles de personas se movilizaban en las fiestas especiales y hacían ofrendas y cierto tipo de peregrinaciones.